TY - JOUR AU - Dikic, I. AU - Elazar, Z. PY - 2018 DA - 2018// TI - Mechanism and medical implications of mammalian autophagy JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/s41580-018-0003-4 DO - 10.1038/s41580-018-0003-4 ID - Dikic2018 ER - TY - JOUR AU - Mizushima, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Autophagy: process and function JO - Genes Dev VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1599207 DO - 10.1101/gad.1599207 ID - Mizushima2007 ER - TY - JOUR AU - Melia, T. J. AU - Lystad, A. H. AU - Simonsen, A. PY - 2020 DA - 2020// TI - Autophagosome biogenesis: from membrane growth to closure JO - J Cell Biol VL - 219 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.202002085 DO - 10.1083/jcb.202002085 ID - Melia2020 ER - TY - JOUR AU - Mizushima, N. AU - Yoshimori, T. AU - Ohsumi, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - The role of Atg proteins in autophagosome formation JO - Annu Rev Cell Dev Biol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-cellbio-092910-154005 DO - 10.1146/annurev-cellbio-092910-154005 ID - Mizushima2011 ER - TY - JOUR AU - Nakatogawa, H. PY - 2020 DA - 2020// TI - Mechanisms governing autophagosome biogenesis JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/s41580-020-0241-0 DO - 10.1038/s41580-020-0241-0 ID - Nakatogawa2020 ER - TY - JOUR AU - Kobayashi, S. AU - Kojidani, T. AU - Osakada, H. AU - Yamamoto, A. AU - Yoshimori, T. AU - Hiraoka, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Artificial induction of autophagy around polystyrene beads in nonphagocytic cells JO - Autophagy VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/auto.6.1.10324 DO - 10.4161/auto.6.1.10324 ID - Kobayashi2010 ER - TY - JOUR AU - Mi, N. AU - Chen, Y. AU - Wang, S. AU - Chen, M. AU - Zhao, M. AU - Yang, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - CapZ regulates autophagosomal membrane shaping by promoting actin assembly inside the isolation membrane JO - Nat Cell Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/ncb3215 DO - 10.1038/ncb3215 ID - Mi2015 ER - TY - JOUR AU - Singh, S. B. AU - Davis, A. S. AU - Taylor, G. A. AU - Deretic, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Human IRGM induces autophagy to eliminate intracellular mycobacteria JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1129577 DO - 10.1126/science.1129577 ID - Singh2006 ER - TY - JOUR AU - Yamaguchi, H. AU - Nakagawa, I. AU - Yamamoto, A. AU - Amano, A. AU - Noda, T. AU - Yoshimori, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - An initial step of GAS-containing autophagosome-like vacuoles formation requires Rab7 JO - PLoS Pathog VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000670 DO - 10.1371/journal.ppat.1000670 ID - Yamaguchi2009 ER - TY - JOUR AU - Jin, M. AU - Klionsky, D. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Regulation of autophagy: Modulation of the size and number of autophagosomes JO - FEBS Lett VL - 588 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2014.06.015 DO - 10.1016/j.febslet.2014.06.015 ID - Jin2014 ER - TY - JOUR AU - Xie, Z. AU - Nair, U. AU - Klionsky, D. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Atg8 controls phagophore expansion during autophagosome formation JO - MBoC VL - 19 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.e07-12-1292 DO - 10.1091/mbc.e07-12-1292 ID - Xie2008 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, Y. AU - Kasai, A. AU - Omori, H. AU - Takino, T. AU - Sugihara, M. AU - Umemoto, T. PY - 2020 DA - 2020// TI - ERdj8 governs the size of autophagosomes during the formation process JO - J Cell Biol VL - 219 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201903127 DO - 10.1083/jcb.201903127 ID - Yamamoto2020 ER - TY - JOUR AU - Anelli, T. AU - Sitia, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Protein quality control in the early secretory pathway JO - EMBO J VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601974 DO - 10.1038/sj.emboj.7601974 ID - Anelli2008 ER - TY - JOUR AU - Johnson, A. E. AU - Waes, M. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - The translocon: a dynamic gateway at the ER membrane JO - Annu Rev Cell Dev Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.cellbio.15.1.799 DO - 10.1146/annurev.cellbio.15.1.799 ID - Johnson1999 ER - TY - JOUR AU - Vembar, S. S. AU - Brodsky, J. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - One step at a time: endoplasmic reticulum-associated degradation JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrm2546 DO - 10.1038/nrm2546 ID - Vembar2008 ER - TY - JOUR AU - Lev, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Nonvesicular lipid transfer from the endoplasmic reticulum JO - Cold Spring Harb Perspect Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1101/cshperspect.a013300 DO - 10.1101/cshperspect.a013300 ID - Lev2012 ER - TY - JOUR AU - Berridge, M. J. AU - Bootman, M. D. AU - Roderick, H. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Calcium signalling: dynamics, homeostasis and remodelling JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nrm1155 DO - 10.1038/nrm1155 ID - Berridge2003 ER - TY - JOUR AU - Nixon-Abell, J. AU - Obara, C. J. AU - Weigel, A. V. AU - Li, D. AU - Legant, W. R. AU - Xu, C. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Increased spatiotemporal resolution reveals highly dynamic dense tubular matrices in the peripheral ER JO - Science VL - 28 ID - Nixon-Abell2016 ER - TY - JOUR AU - Voeltz, G. K. AU - Prinz, W. A. AU - Shibata, Y. AU - Rist, J. M. AU - Rapoport, T. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - A class of membrane proteins shaping the tubular endoplasmic reticulum JO - Cell VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.11.047 DO - 10.1016/j.cell.2005.11.047 ID - Voeltz2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, S. AU - Tukachinsky, H. AU - Romano, F. B. AU - Rapoport, T. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Cooperation of the ER-shaping proteins atlastin, lunapark, and reticulons to generate a tubular membrane network JO - eLife VL - 5 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.18605 DO - 10.7554/eLife.18605 ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Shibata, Y. AU - Shemesh, T. AU - Prinz, W. A. AU - Palazzo, A. F. AU - Kozlov, M. M. AU - Rapoport, T. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mechanisms determining the morphology of the peripheral ER JO - Cell VL - 143 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.11.007 DO - 10.1016/j.cell.2010.11.007 ID - Shibata2010 ER - TY - JOUR AU - Chang, J. AU - Lee, S. AU - Blackstone, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Protrudin binds atlastins and endoplasmic reticulum-shaping proteins and regulates network formation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1307391110 DO - 10.1073/pnas.1307391110 ID - Chang2013 ER - TY - JOUR AU - Orso, G. AU - Pendin, D. AU - Liu, S. AU - Tosetto, J. AU - Moss, T. J. AU - Faust, J. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Homotypic fusion of ER membranes requires the dynamin-like GTPase Atlastin JO - Nature VL - 460 UR - https://doi.org/10.1038/nature08280 DO - 10.1038/nature08280 ID - Orso2009 ER - TY - JOUR AU - Axe, E. L. AU - Walker, S. A. AU - Manifava, M. AU - Chandra, P. AU - Roderick, H. L. AU - Habermann, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Autophagosome formation from membrane compartments enriched in phosphatidylinositol 3-phosphate and dynamically connected to the endoplasmic reticulum JO - J Cell Biol VL - 182 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.200803137 DO - 10.1083/jcb.200803137 ID - Axe2008 ER - TY - JOUR AU - Matsunaga, K. AU - Morita, E. AU - Saitoh, T. AU - Akira, S. AU - Ktistakis, N. T. AU - Izumi, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Autophagy requires endoplasmic reticulum targeting of the PI3-kinase complex via Atg14L JO - J Cell Biol VL - 190 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.200911141 DO - 10.1083/jcb.200911141 ID - Matsunaga2010 ER - TY - JOUR AU - Taguchi-Atarashi, N. AU - Hamasaki, M. AU - Matsunaga, K. AU - Omori, H. AU - Ktistakis, N. T. AU - Yoshimori, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Modulation of local PtdIns3P levels by the PI phosphatase MTMR3 regulates constitutive autophagy JO - Traffic VL - 11 UR - https://doi.org/10.1111/j.1600-0854.2010.01034.x DO - 10.1111/j.1600-0854.2010.01034.x ID - Taguchi-Atarashi2010 ER - TY - JOUR AU - Hayashi-Nishino, M. AU - Fujita, N. AU - Noda, T. AU - Yamaguchi, A. AU - Yoshimori, T. AU - Yamamoto, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A subdomain of the endoplasmic reticulum forms a cradle for autophagosome formation JO - Nat Cell Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1991 DO - 10.1038/ncb1991 ID - Hayashi-Nishino2009 ER - TY - JOUR AU - Uemura, T. AU - Yamamoto, M. AU - Kametaka, A. AU - Sou, Y. AU - Yabashi, A. AU - Yamada, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - A cluster of thin tubular structures mediates transformation of the endoplasmic reticulum to autophagic isolation membrane JO - Mol Cell Biol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.01327-13 DO - 10.1128/MCB.01327-13 ID - Uemura2014 ER - TY - JOUR AU - Ylä-Anttila, P. AU - Vihinen, H. AU - Jokitalo, E. AU - Eskelinen, E. -. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - 3D tomography reveals connections between the phagophore and endoplasmic reticulum JO - Autophagy VL - 5 UR - https://doi.org/10.4161/auto.5.8.10274 DO - 10.4161/auto.5.8.10274 ID - Ylä-Anttila2009 ER - TY - JOUR AU - Graef, M. AU - Friedman, J. R. AU - Graham, C. AU - Babu, M. AU - Nunnari, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - ER exit sites are physical and functional core autophagosome biogenesis components JO - MBoC VL - 24 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.e13-07-0381 DO - 10.1091/mbc.e13-07-0381 ID - Graef2013 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, K. AU - Akioka, M. AU - Kondo-Kakuta, C. AU - Yamamoto, H. AU - Ohsumi, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Fine mapping of autophagy-related proteins during autophagosome formation in Saccharomyces cerevisiae JO - J Cell Sci VL - 126 UR - https://doi.org/10.1242/jcs.122960 DO - 10.1242/jcs.122960 ID - Suzuki2013 ER - TY - JOUR AU - Baba, M. AU - Tomonaga, S. AU - Suzuki, M. AU - Gen, M. AU - Takeda, E. AU - Matsuura, A. PY - 2019 DA - 2019// TI - A nuclear membrane-derived structure associated with Atg8 is involved in the sequestration of selective cargo, the Cvt complex, during autophagosome formation in yeast JO - Autophagy VL - 15 UR - https://doi.org/10.1080/15548627.2018.1525475 DO - 10.1080/15548627.2018.1525475 ID - Baba2019 ER - TY - JOUR AU - Karanasios, E. AU - Walker, S. A. AU - Okkenhaug, H. AU - Manifava, M. AU - Hummel, E. AU - Zimmermann, H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Autophagy initiation by ULK complex assembly on ER tubulovesicular regions marked by ATG9 vesicles JO - Nat Commun VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms12420 DO - 10.1038/ncomms12420 ID - Karanasios2016 ER - TY - JOUR AU - Kotani, T. AU - Kirisako, H. AU - Koizumi, M. AU - Ohsumi, Y. AU - Nakatogawa, H. PY - 2018 DA - 2018// TI - The Atg2–Atg18 complex tethers pre-autophagosomal membranes to the endoplasmic reticulum for autophagosome formation JO - PNAS VL - 115 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1806727115 DO - 10.1073/pnas.1806727115 ID - Kotani2018 ER - TY - JOUR AU - Valverde, D. P. AU - Yu, S. AU - Boggavarapu, V. AU - Kumar, N. AU - Lees, J. A. AU - Walz, T. PY - 2019 DA - 2019// TI - ATG2 transports lipids to promote autophagosome biogenesis JO - J Cell Biol VL - 218 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201811139 DO - 10.1083/jcb.201811139 ID - Valverde2019 ER - TY - JOUR AU - Gómez-Sánchez, R. AU - Rose, J. AU - Guimarães, R. AU - Mari, M. AU - Papinski, D. AU - Rieter, E. PY - 2018 DA - 2018// TI - Atg9 establishes Atg2-dependent contact sites between the endoplasmic reticulum and phagophores JO - J Cell Biol VL - 217 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201710116 DO - 10.1083/jcb.201710116 ID - Gómez-Sánchez2018 ER - TY - JOUR AU - Kumar, N. AU - Leonzino, M. AU - Hancock-Cerutti, W. AU - Horenkamp, F. A. AU - Li, P. AU - Lees, J. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - VPS13A and VPS13C are lipid transport proteins differentially localized at ER contact sites JO - J Cell Biol VL - 217 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201807019 DO - 10.1083/jcb.201807019 ID - Kumar2018 ER - TY - JOUR AU - Maeda, S. AU - Otomo, C. AU - Otomo, T. PY - 2019 DA - 2019// TI - The autophagic membrane tether ATG2A transfers lipids between membranes JO - eLife VL - 8 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.45777 DO - 10.7554/eLife.45777 ID - Maeda2019 ER - TY - JOUR AU - Osawa, T. AU - Kotani, T. AU - Kawaoka, T. AU - Hirata, E. AU - Suzuki, K. AU - Nakatogawa, H. PY - 2019 DA - 2019// TI - Atg2 mediates direct lipid transfer between membranes for autophagosome formation JO - Nat Struct Mol Biol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/s41594-019-0203-4 DO - 10.1038/s41594-019-0203-4 ID - Osawa2019 ER - TY - JOUR AU - English, A. R. AU - Voeltz, G. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Rab10 GTPase regulates ER dynamics and morphology JO - Nat Cell Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/ncb2647 DO - 10.1038/ncb2647 ID - English2013 ER - TY - JOUR AU - Nishimura, T. AU - Tamura, N. AU - Kono, N. AU - Shimanaka, Y. AU - Arai, H. AU - Yamamoto, H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Autophagosome formation is initiated at phosphatidylinositol synthase-enriched ER subdomains JO - EMBO J VL - 36 UR - https://doi.org/10.15252/embj.201695189 DO - 10.15252/embj.201695189 ID - Nishimura2017 ER - TY - JOUR AU - Andrejeva, G. AU - Gowan, S. AU - Lin, G. AU - Fong, A. -. C. L. W. T. AU - Shamsaei, E. AU - Parkes, H. G. PY - 2020 DA - 2020// TI - De novo phosphatidylcholine synthesis is required for autophagosome membrane formation and maintenance during autophagy JO - Autophagy VL - 16 UR - https://doi.org/10.1080/15548627.2019.1659608 DO - 10.1080/15548627.2019.1659608 ID - Andrejeva2020 ER - TY - JOUR AU - Schütter, M. AU - Giavalisco, P. AU - Brodesser, S. AU - Graef, M. PY - 2020 DA - 2020// TI - Local fatty acid channeling into phospholipid synthesis drives phagophore expansion during autophagy JO - Cell VL - 180 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.12.005 DO - 10.1016/j.cell.2019.12.005 ID - Schütter2020 ER - TY - JOUR AU - Morishita, H. AU - Zhao, Y. G. AU - Tamura, N. AU - Nishimura, T. AU - Kanda, Y. AU - Sakamaki, Y. PY - 2019 DA - 2019// TI - A critical role of VMP1 in lipoprotein secretion. Malhotra V, Pfeffer SR, Pfeffer SR, Prinz WA, editors JO - eLife VL - 8 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.48834 DO - 10.7554/eLife.48834 ID - Morishita2019 ER - TY - JOUR AU - Tábara, L. -. C. AU - Escalante, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - VMP1 establishes ER-microdomains that regulate membrane contact sites and autophagy JO - PLoS ONE VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0166499 DO - 10.1371/journal.pone.0166499 ID - Tábara2016 ER - TY - JOUR AU - Tábara, L. -. C. AU - Vicente, J. -. J. AU - Biazik, J. AU - Eskelinen, E. -. L. AU - Vincent, O. AU - Escalante, R. PY - 2018 DA - 2018// TI - Vacuole membrane protein 1 marks endoplasmic reticulum subdomains enriched in phospholipid synthesizing enzymes and is required for phosphoinositide distribution JO - Traffic VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/tra.12581 DO - 10.1111/tra.12581 ID - Tábara2018 ER - TY - JOUR AU - Zhao, Y. G. AU - Chen, Y. AU - Miao, G. AU - Zhao, H. AU - Qu, W. AU - Li, D. PY - 2017 DA - 2017// TI - The ER-localized transmembrane protein EPG-3/VMP1 regulates SERCA activity to control ER-isolation membrane contacts for autophagosome formation JO - Mol Cell VL - 67 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.08.005 DO - 10.1016/j.molcel.2017.08.005 ID - Zhao2017 ER - TY - JOUR AU - Morita, K. AU - Hama, Y. AU - Izume, T. AU - Tamura, N. AU - Ueno, T. AU - Yamashita, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genome-wide CRISPR screen identifies TMEM41B as a gene required for autophagosome formation JO - J Cell Biol VL - 217 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201804132 DO - 10.1083/jcb.201804132 ID - Morita2018 ER - TY - JOUR AU - Moretti, F. AU - Bergman, P. AU - Dodgson, S. AU - Marcellin, D. AU - Claerr, I. AU - Goodwin, J. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - TMEM41B is a novel regulator of autophagy and lipid mobilization JO - EMBO Rep VL - 19 UR - https://doi.org/10.15252/embr.201845889 DO - 10.15252/embr.201845889 ID - Moretti2018 ER - TY - JOUR AU - Shima, T. AU - Kirisako, H. AU - Nakatogawa, H. PY - 2019 DA - 2019// TI - COPII vesicles contribute to autophagosomal membranes JO - J Cell Biol VL - 218 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201809032 DO - 10.1083/jcb.201809032 ID - Shima2019 ER - TY - JOUR AU - Noda, T. PY - 2017 DA - 2017// TI - Autophagy in the context of the cellular membrane-trafficking system: the enigma of Atg9 vesicles JO - Biochem Soc Trans VL - 45 UR - https://doi.org/10.1042/BST20170128 DO - 10.1042/BST20170128 ID - Noda2017 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, H. AU - Kakuta, S. AU - Watanabe, T. M. AU - Kitamura, A. AU - Sekito, T. AU - Kondo-Kakuta, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Atg9 vesicles are an important membrane source during early steps of autophagosome formation JO - J Cell Biol VL - 198 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.201202061 DO - 10.1083/jcb.201202061 ID - Yamamoto2012 ER - TY - JOUR AU - Puri, C. AU - Manni, M. M. AU - Vicinanza, M. AU - Hilcenko, C. AU - Zhu, Y. AU - Runwal, G. PY - 2020 DA - 2020// TI - A DNM2 centronuclear myopathy mutation reveals a link between recycling endosome scission and autophagy JO - Dev Cell VL - 53 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2020.03.018 DO - 10.1016/j.devcel.2020.03.018 ID - Puri2020 ER - TY - JOUR AU - Kampinga, H. H. AU - Craig, E. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The HSP70 chaperone machinery: J proteins as drivers of functional specificity JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrm2941 DO - 10.1038/nrm2941 ID - Kampinga2010 ER - TY - JOUR AU - Ushioda, R. AU - Hoseki, J. AU - Araki, K. AU - Jansen, G. AU - Thomas, D. Y. AU - Nagata, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - ERdj5 is required as a disulfide reductase for degradation of misfolded proteins in the ER JO - Science VL - 321 UR - https://doi.org/10.1126/science.1159293 DO - 10.1126/science.1159293 ID - Ushioda2008 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, Y. AU - Kimura, T. AU - Momohara, S. AU - Takeuchi, M. AU - Tani, T. AU - Kimata, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - A novel ER J-protein DNAJB12 accelerates ER-associated degradation of membrane proteins including CFTR JO - Cell Struct Funct VL - 35 UR - https://doi.org/10.1247/csf.10023 DO - 10.1247/csf.10023 ID - Yamamoto2010 ER -